Il cronofago

Ho appena scoperto l’acqua calda. Twitter è una delizia, invita a leggere all’infinito, e una croce: il tempo è finito. Se per di più voglio starnazzare, devo fare una selezione. Oggi tocca all’origine del Sars-Cov-2 – h/t un retweet di radioprozac – perché se n’è parlato molto anche in Italia.

E perché è uno dei pochi casi in cui trovo che Leonid Schneider stia sbagliando.

Fonte You Tubeha una faccia simpatica, no?

“La questione dell’origine” di una zoonosi – Aids, Ebola, influenze aviarie – è un tormentone che va avanti per decenni, tra complottismo, conflitti d’interesse e sospetti più che giustificati. Virus “fuggono” da laboratori. Terroristi giapponesi cercano di procurarsi colture di Ebola. Le ricerche dette “gain of function“, sui tratti che rendono un virus più contagioso, sono rischiose di per sé – Cf. nota 1.

Ecc.

Su Science insieme a parecchi colleghi Michael Worobey, uno specialista dell’evoluzione e della filogenesi dei virus, aveva chiesto un’indagine indipendente sulle ricerche fatte al lab di Wuhan dov’è stato isolato e identificato il coronavirus dei pipistrelli.

Poi Jesse Bloom aveva trovato nel Cloud sequenze geniche che erano state cancellate dal Sequence Read Archive dove ricercatori di Wuhan le avevano depositate. Le aveva riprodotte in un preprint del 22 giugno 2021. In pezzetti del genoma di coronavirus del mercato di Huaban identificava due aplotipi del Sars-Cov-2 con mutazioni che li distinguevano dal “progenitore” trovato nei pipistrelli e ne concludeva:

  • There is no plausible scientific reason for the deletion: the sequences are perfectly concordant with the samples described in Wang et al. (2020a,b – link al preprint del 6 marzo 2020), there are no corrections to the paper […] and the sequencing shows no evidence of plasmid or sample-to-sample contamination. It therefore seems likely the sequences were deleted to obscure their existence.

In breve, visto che i risultati dei ricercatori cinesi erano corretti, avevano cancellato le sequenze “probabilmente” per tener segreta l’esistenza degli aplotipi mutati.

In novembre 2021 su Science, Worobey riassumeva nuove pubblicazioni sui primi casi di covid accertati e suggeriva ipotesi più plausibili del “lab leak”. Secondo Leonid lo faceva per pura convenienza, ben sapendo “da che parte il suo pane è imburrato”.

Forse, ma non solo.

Nel marzo scorso Bloom era più esplicito. A Katherine Eban di Vanity Fair diceva che a cancellare le sequenze a “fini illeciti” era stato il lab di Wuhan con la complicità di Eco-Health Alliance, l’Ong fondata e diretta da Peter Daszak, un arrivista in cerca di gloria e di soldi.

E’ la tesi di Leonid, ma Worobey dissente in 103 tweet più i paper in bibliografia.

Se il giallo vi appassiona, troverete buoni argomenti per quanto riguarda le sequenze geniche al contempo segrete e pubblicate oltre due anni fa. Entusiasta all’inizio, Woroney le ha esaminate con attenzione: erano quasi tutte “frammentarie”, “più tardive di quelle già disponibili” e con troppe poche letture per essere affidabili. Ai cinesi servivano per mostrare l’efficacia di un loro kit diagnostico (anche Jesse Bloom ne sviluppa, sarebbe strano se non s’informasse su quelli altrui, l’oca s.), Non per trovare l’origine del covid.

Infatti nel paper Bloom scrive (p. 5317 colonna di destra prima di “Discussion”)

  • riconosco che [i miei] argomenti sono puramente qualitativi e privi dell’analisi statistica formale di Worobey et al. 2020.

Worobey non capisce come Bloom possa sospettare che le sequenze siano state cancellate per nascondere l’esistenza dei due aplotipi quando

  • né l’uno né l’altro era presente nelle sequenze cancellate.

Questo per la disputa scientifica. Dal poco che so, Woroney ha ragione sulla necessità di avere centinaia se non migliaia di letture per ogni sequenza (“deep” sequencing). Dico, si sono inventate le macchinette della PCR apposta per moltiplicarle!

Ma esprime il proprio dissenso su Twitter perché a)

  • il principale impatto dello studio di Bloom è stato la sua narrativa non scientifica che, in ultima istanza, erode la fiducia nella scienza

b) rispetta il lavoro precedente di Bloom e del suo gruppo

  • L’eleganza di questo tipo di lavoro spiega come mai mi è difficile riconciliare i contributi scientifici tipici di Jesse con quello che ho appreso sul suo preprint

e sul paper pubblicato su Molecular Biology and Evolution al quale nessuno del gruppo partecipa;

c) rispetta anche il lavoro dei ricercatori cinesi – nota 2 – le cui sequenze grezze hanno contribuito a svelare l’ultima parte del mistero – nota 3 – completando la cronologia iniziale dei prelievi e dei test positivi.

Lo disturba che Bloom presenti la propria tabella delle sequenze come se le avesse scoperte lui nel Cloud. Bloom sapeva chi aveva raccolto i campioni e generato le sequenze, e dove trovarle ben prima di scaricarle dal Cloud. Eppure nel preprint e nel paper li accusa di aver abusato delle “strutture di fiducia della scienza”.

E’ scorretto appropriarsi del lavoro altrui, tanto più per diffamare, così com’è scorretta la pal review raccontata proprio da Bloom. Prima della revisione, il direttore della rivista aveva già twittato che i dati “di Bloom” erano i più importanti mai acquisiti dall’inizio della pandemia.

Aveva incontrato Fauci & Collins, forse preoccupati anche loro dall’accusa di “illeciti”, il curatore dell’archivio dei preprint, e un revisore suggerito da Bloom. L’episodio è istruttivo, le sue conseguenze anche.

L’effetto della narrativa non scientifica di Bloom è che i Repubblicani accusano Fauci, il criminale colluso con i cinesi ça va sans dire, di aver voluto sopprimere i dati “di Bloom” (intenzione che Bloom negava su Vanity Fair). Trovano scienziati disposti a testimoniarlo alla Camera mentre un senatore prepara un elenco di sanzioni contro la Cina e i suoi colleghi un impeachment di Fauci, appena vinte le elezioni di mid-term.

Worobey è anche scocciato perché Bloom rifiuta di tener conto dei paper suoi e di colleghi sull’inesistenza statistica di sequenze segrete appartenenti agli aplotipi mai trovati al mercato di Huaban.

Lo scandalo gli sembra poggiare su una piramide di “errori”, “offuscazioni” e “fake news” tipiche della politica americana. Per esempio Bloom e i suoi pal reviewer fanno finta che nel Sequence Reading Archive non ci siano genomi interi di Sars-Cov-2 che i cinesi, inspiegabilmente, non cancellano e addirittura pubblicano per spiegare come si sono contagiate alcune famiglie di Wuhan.

Morale (tweet n. 93):

  • Ignorate tutto quello che io e chiunque altro diciamo su Twitter della scienza sulle origini del Covid. Leggete i paper. Prendete il tempo necessario. Leggete i Metodi. E i Materiali supplementari. Leggete non solo i nostri ma anche quelli che li contestano. Leggeteli di nuovo e state sintonizzati per i prossimi.

Come, scusi? Su Twitter tutti dovrebbero comportarsi da scienziati onesti competenti in filogenetica evolutiva dei coronavirus? Che pretese!

Note
  1. Sono il tema di “Should’ve“, una pièce di Roald Hoffmann rappresentata anche in Italia.
  2. Il motto di Worobey è “Credit where credit is due”. E’ anche quello di Roald, accusato da Elias Corey di avergli rubato l’idea per la quale, una volta formalizzata e scritta in matematica, avrebbe condiviso il premio Nobel. Era venuta in mente a molti tra cui Robert Woodward, il professore di entrambi, supervisore della tesi di dottorato di Roald sul tema e co-autore delle “regole” di Woodward-Hoffmann. Per un altro aspeto di quell’idea, suggerito da Woodward, Corey ha ricevuto un Nobel intero per la chimica (nota 4).
  3. La prima parte dovrebbe scoprire gli eventuali ospiti intermedi tra pipistrelli e umani. La vedo dura: infettiamo facilmente altri mammiferi con il nostro Sars-Cov-2, ormai l’elenco dei possibili portatori sani, o solo con il naso che cola, s’è allungato parecchio.
  4. Dovrebbe anche essere il moto dei cronisti. Se dimentico di citare una fonte, per favore avvisatemi.

2 pensieri riguardo “Il cronofago

  1. Non c’è speranza per gli States:

    ” Secondo un recente sondaggio realizzato da NBC News la percentuale di americani che ritiene Trump l’unico o il principale responsabile per l’attacco è scesa di sette punti dal gennaio del 2021 ad oggi, dal 52 al 45 per cento.”

    https://www.ilpost.it/2022/06/09/audizioni-camera-attacco-congresso/

    E ovviamente la proposta di legge sul possesso delle armi da fuoco non passerà al Senato.

    P. S. Segnalo un refuso: “centinaia se non miglia di letture”.

    "Mi piace"

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