(Divagazione ochesca). Un anno fa, Deep Mind aveva pubblicato la struttura di 350 mila proteine, di cui circa il 44% di proteine “umane”. Un risultato impressionante – per ciascuna la forma ripiegata in 3 dimensioni – ottenuto con AlphaFold, un’Intelligenza Artificiale.
Una “rivoluzione” per la biologia.
La settimana scorsa, Deep Mind ha “rivelato la struttura dell’universo proteico“, nel senso di 200 milioni di proteine che erano state isolate in quasi 1 milione di organismi diversi. Se ne chiacchierava ieri su Twitter. Forse sembravo criticare AlphaFold, invece pensavo agli annunci di terapie imminenti, stando ad alcuni giornali compreso Science.
Mi ricordo profezie analoghe nel 2000, quando era stata pubblicata la prima bozza del genoma umano (il sequenziamento definitivo, senza “buchi”, è del gennaio scorso).
All’epoca l’ipotesi prevalente era che un gene codifica per una proteina. Se i geni erano circa 20 mila, le nostre proteine erano… Eppure quelle note erano già il doppio. Oggi si stima che siano “80-400 mila” (p. 59), un 37-50% delle quali “junk proteins“. Leproteine pattume già identificate sono dette “disordinate”, “non piegate”, non piegate ma “funzionali” lo stesso ecc.
Bref, un casino.
Ricordo che nel 2000, la maggior parte del nostro Dna veniva ancora chiamato “junk Dna”. Quelle sequenze erano scarti, duplicazioni ridondanti di qualche gene, se fuori dai geni erano sicuramente fuori luogo, rimasugli della selezione naturale. Poi con il progetto ENCODE s’è scoperto che il pattume aveva tante funzioni. O forse no.
Bref, un altro casino.
Non solo “biology is inherently messy”, diceva (a Evelyn Fox Keller, un’amica comune) Richard Lewontin, che ce l’aveva con il determinismo genetico dei colleghi, ma soffrono in troppi di “physics envy“. Vorrebbero una teoria tipo modello standard nella quale incastrare via via le particelle e completare il puzzle. Tieni presente che la teoria ce l’abbiamo già, quella dell’evoluzione. (Mica l’avevo dimenticata.)
AlphaFold ci ha appena contribuito con 200 milioni di origami, ciascuno una minuscola “espressione storica quantificata esistenzialmente” (sempre Lewontin) da collocare nella storia della vita dagli archeobatteri in poi.
Bref… Ricordo quello che diceva Mao durante la rivoluzione culturale.
ocasapiens 